Violencia y campesinado
Aristocracia y plebe: Lima, 1760-1830 (Estructura de clases y sociedad colonial)
Apogeo y crisis de la República Aristocrática: oligarquía, aprismo y comunismo en el Perú, 1895-1932 (5a edición)
Arequipa y el sur andino
La ciudad sumergida: aristocracia y plebe en Lima, 1760-1830 (2a edición)
La agonía de Mariátegui
In search of an Inca: identity and utopia in the Andes
Comunidades campesinas: cambios y permanencias
Los mineros de la Cerro de Pasco 1900-1930 (2a edición)
Bandoleros, abigeos y montoneros: criminalidad y violencia en el Perú, siglo XVIII-XX
Los movimientos campesinos en el Perú, 1879-1965
La agonía de Mariátegui: la polémica con la Komintern
La agonía de Mariátegui: la polémica con la Komintern (2a edición)
La agonía de Mariátegui (3a edición)
Los mineros de la Cerro de Pasco, 1900-1930: un intento de caracterización social
Alberto Flores Galindo: cartas de Francia: 1973-1974
Movimientos campesinos en el Perú: balance y esquema
Los comunistas y el movimiento obrero : Perú, 1930-1931
Oligarquía y capital comercial en el sur peruano (1870-1930)
Pensamiento político peruano
Arequipa y el sur andino: ensayo de historia regional (Siglos XVIII-XX)
El militarismo y la dominación británica (1825-1845). En Nueva historia general del Perú: un compendio.
Apogeo y crisis de la república aristocrática (3a edición)
Dos ensayos sobre José María Arguedas
La tradición autoritaria: violencia y democracia en el Perú
Buscando un Inca : identidad y utopía en los andes
Europa y el país de los Incas : la utopía andina
Sociedad colonial y sublevaciones populares : Túpac Amaru II - 1780
Independencia y revolución (1780-1840) v. 1
Independencia y revolución (1780-1840) v. 2
Los intelectuales y el problema nacional. En: 7 ensayos : 50 años en la historia.
Invitación a la vida heroica : antología / selección y presentación Alberto Flores Galindo, Ricardo Portocarrero Grados
Para afirmar las instituciones democráticas. En Julio Cotler (comp.), Para afirmar la democracia.